对于胃溃疡通过保守治疗如无明显好转，并且溃疡面积＞3cm或者有病理明确诊断恶性肿瘤，均应及时进行手术切除。一般胃大部切除是治疗胃溃疡和胃癌的主要手术方式，根据溃疡的部位不同，有时候切除的是胃的远端，有时候切除的是胃的近端。
在手术方式上，有时候是常规的开放性手术，有时候是目前比较流行的腹腔镜微创手术。但是，无论用什么样的手术方式，其主要目的是切除溃疡本身，并且减少导致溃疡的因素出现。比如通过切除较多的胃壁细胞，减少胃酸分泌，甚至损伤神经，减少胃酸的分泌，这样便可以加快胃溃疡的愈合，并且防止胃溃疡向癌症的转换。