新生儿坏死性小肠结肠炎按照疾病的轻重程度从轻到重分别分为一期、二期和三期。一期禁食3-4天，二期禁食7-10天，三期可能要禁食14天，甚至需要手术治疗。
主要的治疗方法除了禁食之外还要给予液体、电解质和静脉营养，同时要给予抗生素的治疗，抗生素要听医生的指导，要覆盖阳性菌和阴性菌，同时必要时要排除有没有颅内感染。
如果NEC合并颅内感染，也要选择合适的抗生素能够透过血脑屏障，必要的时候给予呼吸支持、循环支持以及其他的治疗，在治疗过程中要监测小孩的心率、血压、体温、氧饱和度等。