Ⅱ型呼吸衰竭在临床上是比较严重的疾病，是一些疾病末期的表现。可以导致Ⅱ型呼吸衰竭最常见的疾病是慢性阻塞性肺病，其他肺部疾病也可以出现Ⅱ型呼吸衰竭，例如严重的肺结核、肺肿瘤、肺间质纤维化、急性呼吸窘迫综合征、肺栓塞等等。
如果患者确诊为Ⅱ型呼吸衰竭，首先要治疗原发病，例如患者是由于慢性阻塞性肺病而出现Ⅱ型呼吸衰竭，需要根据病情使用抗感染、祛痰、平喘等相关的药物。Ⅱ型呼吸衰竭的患者需要吸氧，临床上以持续低流量吸氧为主，可选用无创呼吸机治疗，无创呼吸治疗无效的情况下，或者是有无创呼吸禁忌证时，可以考虑有创呼吸机的治疗。