玉屏风散属于补益类中成药，此药上市后的不良反应报告显示，如果按照说明书推荐的用法、用量辨证合理使用，往往比较安全，绝大部分患者在使用过程中不会出现不适的症状。偶见患者服药后会出现恶心、呕吐及胃肠道不适等不良反应，一般症状较为轻微，且为一过性，停药后症状就可以消失。如果情况严重，需要去医院就诊，极少数患者会出现皮疹、瘙痒等过敏反应，对此药过敏者禁用。
中成药辨证合理使用非常关键，不对症使用会增加不良反应发生的频率和程度，给身体造成伤害。热病汗出者、阴虚盗汗者慎用，服药期间饮食宜选清淡的食物，忌油腻食物。