肾积水的治疗主要是病因治疗，引起肾积水的原因往往是尿路梗阻，梗阻可以由结石、肿瘤、炎症结核或者下尿路梗阻引起。
所以治疗上应当根据梗阻的病因、发病的急缓以及梗阻的严重程度、有无并发症，还有肾功能的损害情况综合考虑。肾积水是尿路梗阻所致，梗阻时间长短对肾功能的影响起到了关键性作用，所以应当尽快解除梗阻。
治疗方法取决于梗阻的病因，如果是先天性输尿管肾盂连接处狭窄，则建议行肾盂成形，尿路的结石可以用各种方法进行碎石治疗。
如果患者病情比较重，可以先行尿液的引流，保护肾功能，待身体条件允许以后再进行梗阻的治疗。如果梗阻不能取出，尿流改道的手术就作为永久性治疗措施，双侧上尿路梗阻导致的尿毒症，先是要解除梗阻引流尿液。
如果引流尿液以后仍然肾功能无改善，则应当行血液透析。