避孕套只能降低性病的发生率，不能够起到完全防止性病的作用。性病的种类较多，可以通过多方面传播，如性接触、血液接触、体液、分泌物接触等。在同房的过程中即便是全程使用避孕套，皮肤密切接触，接吻口腔黏液进入体内，都可能是传播疾病的途径。
此外，也不能避免阴虱、尖锐湿疣、艾滋病、梅毒螺旋体、生殖器疱疹等。不过戴避孕套，只要正确使用，对于普通的阴道炎如滴虫、霉菌、支原体、衣原体等有较好的阻断作用。预防性病的发生，最好是避免高危性行为发生。注意性卫生，每次同房前后及时清洁，杜绝多个性伙伴，洁身自好，减少性病发生的几率。