益生菌酸奶并非益生菌发酵的牛奶，益生菌通常为室温型乳酸菌，适宜温度为30-37℃，产酸速度缓慢，通常在10小时以上，因此益生菌基本不参与发酵。生产益生菌酸奶时，将益生菌以及可将牛奶变为酸奶的保加利亚乳杆菌、嗜热链球菌一起添加到牛奶中，采用43℃发酵，则保加利亚乳杆菌和嗜热链球菌可将牛奶变成酸奶。
益生菌进入人体后，可对人体起到多方面调整作用。人为的补充活性有益菌，可调节肠道微生态平衡，恢复及保持人体健康，还可增强人体免疫力，促进肠道蠕动，帮助消化，有利于排便，抑制腐败菌的生长，降低直肠癌和结肠癌的危险，促使矿物质特别是钙的吸收，有助于乳糖不耐受人群的乳糖消化，预防由病毒或沙门氏菌引起的腹泻，在一定程度上预防过敏等。