肾结石软镜手术以后，最容易出现的后遗症为感染以及输尿管损伤，手术时间越长，出现的几率也越高，所以建议将手术控制在90分钟以内，并且术后注意监测生命体征以及感染的指标。
出现重症感染，应该及时更换抗生素，并且协同重症监护室来进行治疗。因为如果手术以后出现严重的感染，有些患者会威胁生命。结石越大，感染石特别容易出现感染，手术以后的输尿管损伤，一般是留置输尿管输送鞘的时候所导致。一旦出现输尿管损伤，手术以后应该及时留置输尿管、支架管，并且密切随访。小的损伤通常一周左右就可以愈合，但是如果出现明显的黏膜撕脱，甚至出现黏膜的脱套，输尿管大的穿孔、断裂，应该及时进行手术修复，以免术后造成长段的输尿管狭窄。