戊二酸尿症是一种遗传代谢性疾病，这种疾病的治疗，主要是避免急性发作，同时对临床症状加以控制，大致可如下：
1、饮食控制：对于戊二酸尿症的孩子，要进行长期的饮食控制，这样的孩子要喝特殊配方的奶粉，同时还要注意补充足够的能量和蛋白质的摄入，所以这种情况下一定要联系营养师，进行特殊的奶粉喂养；
2、补充核黄素和肉碱：每天还要注意给孩子补充核黄素和肉碱，以提升缺陷酵素作用的效率，每天要补充肉碱，这样可以加速戊二酸与肉碱结合，来加速戊二酸的代谢，从而降低毒性物质在体内的累积；
3、急性发作治疗：一旦出现急性发作的时候，一定要注意适时补充水分、电解质和营养物质，改善脱水和酸中毒的情况。如果出现血氨增高，要立即降低血氨，避免孩子智力受到影响，一旦智力受到影响，可能会导致永久性的伤害，造成孩子的智力无法得到恢复。