脑垂体囊肿在做完手术以后，并不一定就会有后遗症，当然手术都有风险，所以也会有一部分人留下一些后遗症，首先囊肿是良性的病变，垂体囊肿在手术过程中有可能损伤到垂体导致垂体功能低下，可以导致出现体内的内分泌紊乱，比如女性可以出现月经的紊乱、停经等，而男性有可能导致阳痿等状况。另外做手术一般是通过鼻子做，也就是经鼻蝶手术，手术后有可能引起脑脊液鼻漏，可以出现鼻腔的流液，大多数在早期经过治疗以后能够恢复，但是也有一些会长期存在，手术还有可能引起感染，出现感染病情就比较严重了，可以导致头痛，可以出现颅内的压力增高，形成脑积水等情况，也可能引起智力的低下、反应迟钝。