膀胱灌注药物从效果上来讲最好的是卡介苗，卡介苗进行灌注以后不但可以降低膀胱癌的复发概率，而且还可以降低膀胱癌的进展概率，所以进行卡介苗灌注以后，对于各种类型的膀胱癌最为适合。但目前卡介苗生产量极小很难购买到，而且卡介苗灌注以后可能会导致结核的概率发生增高。也可选择使用表柔比星来进行膀胱灌注，其复发率相比卡介苗类似，但是不能降低肿瘤复发以后的进展。表柔比星灌注以后很容易引起化学性膀胱炎，短时间内出现尿频、尿急、排尿疼痛或者肉眼血尿等症状。近几年来也可膀胱灌注吉西他滨，其复发概率也比较低，而且膀胱刺激症状比较轻，患者灌注以后很少出现化学性膀胱炎。上述三种药物比较起来卡介苗的效果最好、复发率最低，而且能够降低肿瘤进展的概率。