妇科支原体的根治，需要注意采用比较敏感的抗菌药物，而且要足量、足疗程，如果疗程不够，过早停药容易引起复发。一般首选的药物是四环素类的药物，可以应用多西环素或者米诺环素，也可以选用喹诺酮类的药物，可以应用左氧氟沙星，也可以应用环丙沙星。
大环内酯类的药物对支原体也有作用，但是最近这些年耐药的现象越来越严重，所以不是所有的患者应用大环内酯类的药物都会有效。一般的疗程可以应用2-3周，严重的患者还可以再延长疗程。如果疗程不够过早停药，很容易引起复发，不容易根治。如果夫妻双方均有支原体的感染，均需要采取抗菌药物治疗，否则一方治疗，另一方没有根治，也容易通过性传播进行传染，也容易复发。