新生儿脓疱疹的治疗，大部分居家护理即可，首先用无菌的生理盐水清洁有脓疱疹的皮肤，保持皮肤干燥、清洁，之后可以用百多邦软膏，进行局部脓疱的涂抹，每天护理两次，同时保持局部皮肤干燥，大约2-3天后脓疱会逐渐的减少，甚至能完全治愈。
如果脓疱比较大，或者局部周围皮肤红肿比较明显，这种情况要及时去到医院就诊。除了做局部的皮肤彻底的清洁护理之外，看是否要给予口服抗生素，因为皮肤脓疱感染可以引起新生儿全身感染，但最主要是要保持新生儿局部皮肤卫生清洁，尤其是在面部。当新生儿出汗之后，要及时的清洁汗液，以减少新生儿发生脓疱感染。