大豆异黄酮和黄体酮的根本区别就是一个是雌性激素，一个是孕激素。大豆异黄酮是天然的植物性雌性激素，而黄体酮是孕激素，两者的作用是完全不同的。
孕激素可以缓解子宫平滑肌收缩，并且会使子宫内膜出现增厚的情况。大豆异黄酮主要是补充植物性雌性激素，多用于绝经以后或者更年期女性出现的潮热、多汗、情绪不稳定的辅助性治疗，所以两者有本质上的区别。
建议无论是用哪一种，都要在医生的指导下进行应用，主要是适合自己，并且针对疾病能够达到有效的治疗目的才应用。