肛瘘的病人最有效的治疗手段是进行手术。如果是单纯的肛瘘，表浅性的肛瘘进行局部的切开，术后一周左右就可以出院，但是术后有注意局部卫生，并且每次便后要及时的进行清洗。而复杂性的肛瘘高位肛瘘恢复的比较慢，并且每天都需要进行彻底的换药。在家中不方便换药，所以说住院的时间比较长，通常住院在两周左右的时间，并且每次换药应该充分的暴露内口，清除脓性分泌物，以免形成假性愈合而导致残腔的形成。在手术以后也应该积极的抗感染治疗，多进食高蛋白的食品，粗纤维饮食，远离刺激性的食品辛辣食物。因为不良的生活习惯也可以影响到局部伤口的恢复和愈合。