核磁共振的副作用主要包含以下几个方面：
第一、核磁共振在检查过程中，可使患者体内产生一定热量，发热者或年龄较小的患儿可能出现出汗等副作用；
第二、对患者听力造成影响，因核磁共振的噪音与其他影像学检查相比较大，如同电钻在人耳边响，因此应做好耳部防护，可有效降低核磁共振对听力的损害。
另外，做核磁共振时应避免含有铁类的金属物质进入。