根管治疗过程中最疼的步骤根据患牙的情况的不同而有所区别。对于牙髓炎尤其是急性牙髓炎，最疼的步骤就是进行开髓引流根管预备的过程。
这个过程在麻醉下才能够操作，根据患牙部位不同选择局部浸润麻醉或者传导阻滞麻醉，才能进行开髓根管预备的操作。
对于根尖周炎，最疼的步骤不是开髓引流，很有可能是根管预备完以后，封药以后由于根管预备过程中感染比较严重，冲洗的碎屑到根尖周组织，会有比较明显的术后疼痛。这种情况可以服用抗生素，2-3天疼痛就会消失。