脚底长疣最佳的治疗方法应该是局部物理治疗，配合外涂药物治疗。物理治疗常常有冷冻疗法、激光疗法或电灼疗法，也可以配合鸦胆子或鬼臼毒素局部外涂，也可以用光动力治疗。脚底长疣临床上诊断为跖疣，疣是由人乳头瘤病毒感染引起的一组病毒性的皮肤病，人的表皮是人乳头瘤病毒的唯一宿主细胞。近年来利用核酸杂交技术，将人乳头瘤病毒分为100多个亚型，不同的人乳头瘤病毒亚型，引起不同的临床表现。
寻常疣是主要发生在身上暴露部位的皮肤，通常是由于抠抓，或者皮肤外伤引起的皮肤破损，而导致局部人乳头瘤病毒的感染。临床表现为针头大小的小丘疹，逐渐增大到黄豆大或更大，表面角化、粗糙、坚硬，有时顶端可见棘刺样，基底及周围无炎症，位于足跖部位的寻常疣称之为跖疣。由于疣是由人乳头瘤病毒感染引起的局部皮肤的病毒性疾病，因此治疗常常以局部治疗为主，多采用物理治疗，也可以配合外用药物治疗，而取得比较好的疗效。