盐酸舍曲林为选择性的5-羟色胺再摄取抑制剂，临床可以用于治疗抑郁症的相关症状，包括伴随焦虑、有或无躁狂史的抑郁症，疗效满意后一般需要继续服用舍曲林，还可有效地防止抑郁症的复发和再发。此外也可用于治疗强迫症，一般疗效满意后继续服用舍曲林可有效地防止强迫症的初始症状的复发。临床批准的超说明书适应症，也可以用于六岁及六岁以上儿童的强迫症的治疗、创伤后应激障碍的治疗、经前焦虑症的治疗、社交恐惧症的治疗以及早泄等治疗。
小剂量开始用药，逐渐增加剂量，因为半衰期长，所以调整剂量的时间间隔应该不短于一周。一般服药七天内可以见效，而完全起效可能需要更长的时间，对强迫症的治疗尤其如此。