病毒结膜炎和细菌结膜炎从分泌物上区别，病毒性的结膜炎是水样的分泌物，而细菌性结膜炎的分泌物是脓性、黏液性、黏液脓性分泌物。
病毒性的结膜炎除了结膜充血、畏光、流泪等症状外，还常有结膜下的出血。病毒性的结膜炎，常伴有角膜上皮圆点状的浸润和上皮下的混浊。
而细菌性的结膜炎少见或者偶见；病毒性的结膜炎还常伴有耳前淋巴结的肿大。
从致病的病原体上区别，病毒性的结膜炎主要是有病毒引起的，常见的有腺病毒、肠道病毒；细菌性结膜炎的病原体是细菌，常见的有肺炎球菌、金黄色葡萄球菌。
从治疗上，细菌性结膜炎主要以广谱抗生素抗菌治疗为主，而病毒性的结膜炎主要以抗病毒为主。