耳朵里面疼大多数是耳朵本身的疾病引起的，最常见的是细菌、真菌、病毒感染而引起的外耳道炎和中耳炎诱发的。掏耳时导致外耳道的损伤、中耳的损伤，也可以引起耳朵疼痛。还有外伤、暴力的打击，以及气压的刺激，比如乘飞机或者潜水时引起耳朵里的损伤，出现耳内的疼痛。
还有肿瘤侵犯到耳朵里面的结构，也会引起耳朵疼痛。一些牵扯性的疼痛，比如组成外耳道前壁的颞下颌关节出现疾病，也可出现耳朵里面的疼痛。还有牙、咽喉、颈部、呼吸道部位的肿瘤、炎症、外伤疾病，都可以通过与耳朵相连接的神经而引起反射性的耳痛。所以如果出现耳朵里面疼，应该及时到医院进行就诊。