舌根长溃疡主要原因是饮食和作息习惯不良，喜欢吃辛辣、油腻、热烫的食物，会刺激舌黏膜起溃疡。有挑食、偏食习惯、营养不均衡，特别是缺少B族和C族维生素，及微量元素铁和锌等，很容易患舌体的溃疡。
生活作息不规律、长期熬夜、黑白颠倒、睡眠不足的人，也容易在舌根起溃疡。舌根部溃疡还可能是由于后牙不规则磨耗，形成过于尖锐的牙尖，经常咬到舌侧缘或舌根部引起的创伤性溃疡。另外，疱疹性口炎和疱疹性咽峡炎会引起舌根部黏膜起疱，破溃后很容易留下溃疡出血面。再者，舌根部分布着味觉感受器官的轮廓乳头，如果轮廓乳头发炎，也容易导致舌根部红肿、压痛，甚至破溃、糜烂。