女性的艾滋病患者在发病期，由于机体的免疫功能低下，甚至于免疫功能缺陷，会并发各种机会性感染和肿瘤。出现生殖器的疱疹、念珠菌或者是滴虫性的阴道炎、盆腔炎等，患者可以出现外阴瘙痒、白带异味、下腹部坠胀疼痛，有时还容易并发宫颈癌。其他的机会性感染出现各脏器的并发症，如呼吸系统、消化系统、神经系统的并发症，与男性患者没有区别。
在艾滋病的急性期和艾滋病的潜伏期时，临床症状与男性基本没有区别。在急性期时临床症状轻微，有时可能会出现类似于感冒样的症状，有发热、头痛、咽痛、乏力、关节疼痛、皮疹、淋巴结肿大等。通常都是呈自限性的，一般不经治疗1-3周之后可以自行消退。在艾滋病的潜伏期时，可以没有任何的临床症状。在潜伏期时患者的免疫状态接近于正常水平，CD4+T淋巴细胞也接近正常值。艾滋病的潜伏期也称作艾滋病的无症状期，在艾滋病潜伏期时CD4+T淋巴细胞可以逐渐地下降。