会厌囊肿很少人能自己消失。绝大多数患者的会厌囊肿如果比较小，可能有时就不长了，如果没有症状也可以观察，不需要治疗。只有会厌囊肿引起了症状，比如咽堵、吞咽时喉部不适，有挡住的感觉。还有少数人可能会厌囊肿非常大，会影响进食、影响呼吸，此时要做会厌囊肿的切除。
通常此手术会在全麻下进行，一般是经口腔插管，将囊肿切除。如果囊肿非常小，一般可以观察，如果一辈子都不长大，就不用管。只要患者没有特别的症状，囊肿还比较小，不要动即可。