儿童阴茎短小即小阴茎，小阴茎是指外观正常的阴茎体，其长度小于正常阴茎长度平均值2.5个标准差以上。小阴茎的发病原因比较复杂，其治疗一般在骨龄大于14岁，诊断明确后开始，多用雄激素与人绒毛膜促性腺激素交替治疗，有助于男性第二性征的发育和阴茎增长。
对于单纯睾丸分泌睾酮异常，可用睾酮替代疗法。若确定为单纯生长激素低导致的小阴茎，则补充生长激素可获得满意的效果。对于小阴茎伴有睾丸下降不全者，需要行睾丸固定术。对于激素治疗无效，尤其是睾酮替代疗法无效，可能为雄激素受体异常的儿童，要考虑做手术整形术，坚持做男性的可用阴茎再造成形、阴茎假体放置等方法，但应用最多的还是变性手术。