三个月的宝宝拉绿屎是由于消化不良导致。当胃肠消化功能出现异常的时候，可能会导致胆囊分泌的胆汁无法完全消耗掉，如果融合到粪便当中会产生大便绿颜色的情况。
此外，消化不良时胃肠道蠕动过于缓慢，大便在肠道内蓄积的时间过长，可能会发生大便颜色的改变，要注意大便是否偏稀。如果伴有大便的炎症性疾病，例如各种病毒性肠炎、细菌性肠炎时肠胃的消化能力也会减弱。
可能会导致胆汁排泄到肠道内的情况出现异常，从而会导致大便颜色呈现绿色。在临床上要根据大便的性状和宝宝的总体症状，判断产生绿屎的病因，然后进行对症治疗。