男性射精后出现输精管的疼痛，主要是由于精囊炎或者输精管炎引起的这种情况，但是引起精囊炎以及输精管炎症的病原体应该进行具体的区分，比较常见的是由于泌尿系统感染，继发前列腺炎以及生殖系统炎症。这种情况可以检查前列腺液以及精液常规，明确具体病原体后选择敏感抗生素进行治疗。还有的情况是由于泌尿生殖系统的结核而导致，进行触诊的时候能够发现输精管呈串珠样改变，排出的分泌物进行抗酸染色，能够发现抗酸杆菌阳性的结果，进行抗结核治疗有效，但是一旦出现泌尿生殖系统感染应该及时进行治疗，防止引起双侧的输精管粘连，引起不育的现象。出现输尿管梗阻精子会难以排出，这种情况很难治愈，所以应该及时进行治疗。