MRI增强检查对人体可能有一定的危害，但是发生的几率比较低。它对人体的危害，主要与做增强检查所使用的核磁共振造影剂有关系。有一部分患者可能会发生对比剂的过敏反应，反应的程度与个人体质有关。
轻度的一般问题不大，不需要处理就可以自行恢复。而中度或者重度的过敏反应，需要患者立刻停止检查并且对症处理，密切观察患者的生命体征。核磁共振增强检查所使用的对比剂，与CT所使用的对比剂相比，它发生不良反应的几率特别低，所以有些过敏体质的患者，通常可以优先选择核磁共振增强检查。