包皮龟头炎常分为感染性包皮龟头炎和非感染性包皮龟头炎，感染性包皮龟头炎常由各种病原微生物感染所引起，具体的治疗需要根据病原微生物的不同而选择相应的治疗，基本原则是消炎杀菌、内外兼治。在抗炎治疗当中，对于急性浅表性包皮龟头炎和环状糜烂性包皮龟头炎的治疗，应首先针对革兰氏阳性球菌的抗生素，选用庆大霉素、卡那霉素等相对敏感的药物，滴虫性包皮龟头炎的治疗首选甲硝唑，对于白色念珠菌引起的包皮龟头炎的治疗常用曲古霉素和伊曲康唑。
外部治疗如滴虫性龟头炎可选用0.5%-1%的乳酸溶液、0.5%的醋酸溶液或1:5000的高锰酸钾溶液，清洗包皮和包皮内侧。念珠菌性的包皮龟头炎可用碳酸氢钠溶液清洗局部，或用咪唑类软膏，细菌引起来的包皮龟头炎可用3%的硼酸水或0.1%的雷夫诺尔溶液清洗患部。其次在生活上要注意保持局部的卫生，夫妻双方一方患有性器官疾病要暂停性生活，避免不洁净的性交等。