牙周炎是由病原微生物导致的牙周慢性炎症，因此可以使用抗菌药物来控制炎症，常用的药物包括四环素类药物、甲硝唑和阿莫西林配伍使用。也可以在牙周局部采用双氧水或生理盐水冲洗，然后涂抹碘甘油或者盐酸米诺环素软膏来局部上药，同时可以用替硝唑和氯己定含漱液漱口，服用牙周康和牛黄解毒片对牙周炎的控制也有一定的效果。
牙周炎的致病因子是牙石和牙菌斑，临床上治疗牙周炎的方法是超声洁治、龈下刮治术和根面平整术。采用超声震荡的方法去除掉在牙根表面的牙石和牙菌斑，消除局部刺激因素才能使牙周炎症消失，另外，有牙周炎的患者还应该戒烟。