跑步后嗓子疼痛可能与患者跑步之后，大量吸入空气诱发咽干、咽部烧灼感、咽疼等等咽炎的表现有关系，同时也与跑步的过程之中诱发的胃食管反流、胃酸等烧灼咽喉部黏膜有关系，临床上对于这种情况，建议患者上耳鼻喉科进行检查处理。一般可以做以下的治疗：
第一、建议患者适当的多喝水，多喝温开水能够减轻咽部干燥、咽部不适感，可以适量的吃西瓜、柚子、猕猴桃等等之类的水果滋润咽喉部的黏膜，缓解不适感，主要应用于疼痛很轻，症状不是很重的患者。
第二、如果觉得咽喉部有明显的疼痛感，咽干非常明显，可以在医生指导之下口服蓝芩口服液、蒲地蓝消炎口服液等等咽喉炎的中成药制剂，缓解嗓子等等不舒服。
第三、跑步之后有胃酸等等反流进入咽喉部损害咽喉部黏膜，导致患者出现嗓子疼，可以适当应用抑酸的药物缓解反流，减轻因为反流所导致的咽喉部疼痛感。
总而言之对患者跑步之后出现咽喉疼痛感，建议应该要适当的休息，避免活动，避免诱发不舒服。