血管神经性头疼的特效药主要是在头疼发作的时候，可以用非甾体类解热镇痛药，例如芬必得等，可以很快的治疗血管神经性头疼，出现不适感觉。在药物治疗方面，可以适用于抗焦虑、抑郁引发的头疼。这种情况可以用多虑平等药物，而小剂量的苯二氮䓬类药物，也可以适用于血管神经性头疼，并且伴有失眠的患者。
如果过量使用苯二氮䓬类的药物会出现嗜睡、记忆力减退等不良反应，此外中医中药的治疗也对血管神经性头疼是非常有效，应当在中医医生的辨证施治的方法下，有针对性的口服或者应用中医中药的方法，进行血管神经性头疼的治疗。