大多数风湿免疫病都属于自身免疫性疾病，什么是自身免疫性疾病呢？机体的免疫系统对外来的抗原会产生相应的免疫应答，通常是将外来抗原清除，而且自身成分也会发生无伤害作用的免疫应答及自身免疫。
若自身免疫功能过强，机体免疫系统又不能或不易清除自身细胞或组织抗原，将引起机体免疫系统对自身抗原不断进行免疫攻击，导致自身免疫性疾病的发生。
自身免疫性疾病分为器官特异性自身免疫病和系统性自身免疫病，器官特异性自身免疫性疾病包括桥本甲状腺炎、突眼性甲状腺肿、胰岛素依赖型糖尿病等。
系统性自身免疫性疾病也称为全身性自身免疫性疾病，包括系统性红斑狼疮、系统性血管炎、干燥综合征、类风湿关节炎等。