三个月的婴儿如果心脏有杂音，一般有以下两种可能：
1、生理性杂音：往往这个杂音只有一级到两级，可能是由于三尖瓣、肺动脉瓣的轻微或者轻度的反流造成，这种杂音一般为无害性，不需要特别的处理和关注。
2、病理性杂音：听诊往往有三级、四级甚至于更大的杂音，它往往提示有一些先天性的心脏病，比如在胸骨左缘第二肋间听到连续性三级以上的杂音，往往提示有动脉导管未闭。如果在胸骨左缘第三肋间听到收缩期三级以上的杂音，同时伴有肺动脉瓣第二音增高，往往提示有室间隔缺损。如果是这种杂音，建议要尽早做超声心动图，从而明确诊断。