沙眼衣原体RNA阳性提示感染了沙眼衣原体，也就是可能会出现沙眼的感染。沙眼在临床上是一种常见的传染性疾病，主要是感染结膜细胞导致慢性结膜炎，一般个人的卫生不太好，手接触衣原体后再接触眼睛而传染。
在身体较虚弱或者拥挤的人群中活动过多，或在医疗条件不佳的环境当中，都会导致沙眼衣原体的感染。沙眼可以预防也可以治疗，大部分沙眼的患者可以通过局部治疗得到恢复，只有很少的患者会出现相应的并发症，比如睑内翻和倒睫。