巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种，也就是子宫内膜正常应该在宫腔，由于某种原因子宫内膜异位到卵巢上，当每个月来月经的时候，卵巢的内膜、子宫异位的内膜也会来月经，但是它排不出去，时间长了囊肿就会越来越大，存在里边的陈旧血就越来越多，时间长了就会破裂。
一旦破裂，病人会突然间的出现下腹部疼痛，同时破裂的这些液体会播散在整个盆腔，造成盆腔粘连、患者痛经。所以认为巧克力囊肿达到一定的尺寸或者是痛经症状特别严重，就建议去手术治疗。当然囊肿要是特别小，症状特别轻，小就是小于3-4cm，症状特别轻，可以不理它，可以积极备孕或者是吃一点中药，可以不手术。