HPV疫苗常见全身反应有疲乏、头痛、肌肉酸痛，比较常见的有发热、胃肠道反应，如恶心、呕吐等，以及关节疼痛、瘙痒、皮疹、荨麻疹等，比较少见的全身反应，偶发有上呼吸道感染、头晕、局部感觉异常、淋巴结病等。接种疫苗以后还有可能会出现一些局部反应，十分常见的局部反应有注射部位疼痛、发红和肿胀，比较少见的有在注射部位出现硬结。
与四价疫苗相比较，九价疫苗的局部不良反应发生率增高，但全身性副作用发生率基本上相同。目前在临床试验中，都没有发现任何和疫苗有关的死亡病例。