川崎病恢复期具体需要多长时间，每个孩子的病情不同，所以恢复的时间也不相同。但总体来说川崎病是自限性疾病，大多数预后良好，复发率大概1%—2%。没有冠状动脉病变的孩子，出院后一、三、六个月以及1—2年进行一次全面体检，包括体格检查、心电图和超声心动图等。对没有经过治疗的川崎病患儿，有10%—20%发生冠状动脉病变，应该长期随访，每6—12个月做一次全面检查。
冠状动脉扩张或者是冠状动脉瘤，大多在病后两年内会自行消失，但常遗留管壁增厚和弹性减弱等功能异常。巨大冠状动脉瘤常不易完全消失，可能会导致血栓形成或者是管腔狭窄，需要外科手术介入治疗。