女性阴道尖锐湿疣和肛门湿疣从本质上两者没有明显的区别，最大的区别是生长部位不同，阴道部位的尖锐湿疣是生长在黏膜上，整体不会长的特别大，但是会长得很多，比较密集。
长在肛门部位的尖锐湿疣，主要看是外面的还是肛管里面，长到肛管里的湿疣和阴道内部的尖锐湿疣非常相似，都是密集比较小的突起，长在肛门外侧或者是肛门周围的，可看到菜花样或者鸡冠样的皮肤，长的比较大，如果治疗不恰当会引导致尖锐湿疣的破裂出血，甚至会发展成恶性的病变。两者从病原体就是致病因素，病理的过程没有明显区别，主要的区别是生长部位的区别。