癌胚抗原升高，可以见于直肠癌、胰腺癌、胃癌、肺癌、乳腺癌等患者，还可见于良性的疾病，比如肝硬化、直肠息肉、溃疡性结肠炎，及某些乳腺疾病等。
需要注意癌胚抗原存在着假阳性，或者假阴性的现象，所以临床医生在解读癌胚抗原数值升高时应注意。
通常临床上，癌胚抗原被用于肿瘤治疗疗效的监测和患者预后的判断，如果癌胚抗原比正常值持续升高5-10倍，强烈提示有恶性肿瘤的存在，或者有恶性肿瘤的复发或转移，应积极做相应部位的CT、超声和磁共振检查，发现肿瘤的病灶。