艾滋病病毒和HPV病毒是两种不同的病毒，没有关联性，除了在传播途径上都可以通过性接触传播之外，再无相同之处。
HPV病毒也称为人乳头瘤病毒，人乳头瘤病毒是球形的DNA病毒，能够引起皮肤黏膜的鳞状上皮增殖，表现为寻常疣、生殖器疣等症状，可以引起尖锐湿疣、宫颈癌、肛门癌等疾病。
艾滋病病毒是RNA病毒，主要伤害的是人体免疫系统中最重要的CD4+T淋巴细胞，艾滋病病毒也称为人类免疫缺陷病毒。感染艾滋病病毒之后，可以导致人体免疫缺陷，从而会出现多种机会性感染，引起多脏器的严重并发症，可以危及生命。在性接触中正确使用安全套，可以阻止HIV病毒(即艾滋病病毒)的感染，但是不能完全阻止人乳头瘤病毒的感染。
人乳头瘤病毒引起的尖锐湿疣预后较好，但是治疗之后容易复发。目前在全世界范围内，还没有能够根治HIV病毒的有效药物，现阶段针对于艾滋病的治疗主要是抗病毒治疗。