甲状腺微小乳头状癌的预后非常好，很少因为甲状腺微小癌而导致死亡的，目前国外研究总体的死亡率在0.5/100000，所以整体的死亡率非常低，不需要过分担心。
但是甲状腺微小乳头状癌整体预后也与危险度分层，以及是否伴有淋巴结转移是有关系的，微小癌并不代表是早期癌，有些微小癌同时合并有广泛的颈淋巴结转移，这种情况预后是比较差的，增加了它的死亡率，所以针对甲状腺微小乳头状癌导致死亡也有个体化的差异。
同时对于甲状腺微小乳头状癌，目前关注的并不主要是它的死亡率，还有复发率，因为微小癌可以长期存活，有的10年、15年以后可能会出现局部复发或者是远处转移，而一旦出现这种情况，很可能需要再次手术或者增加其他的治疗方法，这样增加了患者的痛苦，同时也提高了死亡率的发生。