阴茎癌晚期的症状主要是局部症状、全身症状以及转移灶症状三部分，局部症状主要是尿痛、血尿、排尿困难以及肿块出血，如果继发感染，可以出现脓性分泌物以及恶臭。全身症状与其他晚期肿瘤一样，可能会出现低热、消瘦、浮肿、纳差、全身乏力等。
转移灶的症状根据其转移部位不同，症状也有区别。阴茎癌最容易发生腹股沟和盆腔淋巴结转移，因此可能会触及腹股沟或者下腹部巨大的淋巴包块，伴有明显的疼痛，继发感染时可能会有红、肿、搏动等表现。患侧的肢体或者双侧肢体可能会出现水肿，如果肿块巨大，压迫膀胱、直肠，可能也会引起排尿或者排便的问题。
阴茎癌也可以往其它器官远处转移，发生脑转移可以出现神经系统的症状，例如头痛、头晕，肝转移可能会出现肝区疼痛、黄疸、低蛋白血症、腹水等等，骨转移容易出现转移部位的剧烈骨痛。阴茎癌晚期可以采用姑息治疗，比如放疗、化疗、免疫治疗以及局部治疗来缓解疼痛，改善生活质量和延长生存期。