核磁共振本身利用的是外加磁场，所以对人体并没有辐射作用，虽然或多或少的会有一点生物学效应，但是目前为止还没有发现世界上有生物效应导致对人体明显伤害的报道，所以核磁共振相对于其他应用放射线进行检查的影像学方法而言，是相对安全的。但是核磁共振检查的时间比较长，空间比较密闭，所以患者有可能在检查的过程中出现恐惧感，导致心率加快等症状，但都是暂时的，患者很快就能缓解。还有就是核磁共振的噪音比较大，有些人对噪音比较敏感，有可能会出现耳部的不适。但是可以在检查之前利用特制的耳塞塞住耳朵，从而避免这类情况的发生。