熊去氧胆酸用于治疗胆囊结石、胆汁淤积性肝病，如原发性胆汁性肝硬化，可以用于胆汁反流性胃炎等。服用熊去氧胆酸治疗胃肠道紊乱时，容易出现稀便或腹泻的副作用。当用熊去氧胆酸治疗原发性胆汁性肝硬化时，可能会发生严重的右上腹疼痛，这种副作用十分罕见。当用熊去氧胆酸治疗肝胆功能紊乱时，发生的胆结石钙化的病例也十分罕见。当用熊去氧胆酸治疗晚期原发性胆汁性肝硬化时，发生肝硬化失代偿的情形也十分罕见，当停止治疗后部分可恢复。有可能会发生严重的过敏反应，如荨麻疹，也是十分罕见的副作用。
对于有下列疾病，应禁止服用熊去氧胆酸，如急性胆囊炎、胆管炎、胆道阻塞、经常性胆绞痛发作、射线穿不透的胆结石钙化、胆囊功能受损、胆囊不能在X射线下被看到，以及对胆汁酸过敏的患者。在用药时一定要注意监测肝功的情况，如果有异常应及时调整用药，建议每三个月检查一下肝功能指标。