双侧的卵巢囊肿如何治疗要根据卵巢囊肿的性质来决定，卵巢囊肿是生育年龄女性较为常见的妇科疾病。根据卵巢囊肿的性质不同，可以分为卵巢生理性囊肿、卵巢子宫内膜异位囊肿、卵巢的炎性囊肿，以及卵巢肿瘤中的上皮性肿瘤几种，其中浆液性囊腺瘤和囊黏液性囊腺瘤都可能会表现为卵巢囊肿。根据卵巢囊肿的性质不同，治疗方法也是不一样的，具体见于以下方式：
1、生理性的卵巢囊肿不需要治疗，大多数会自行消失。
2、卵巢子宫内膜异位囊肿，也就是巧克力囊肿，则大多数是需要治疗的，较小的卵巢子宫内膜异位囊肿可以采取药物治疗。当卵巢巧克力囊肿较大，大于5cm以上，或者出现临床症状或者囊肿迅速长大，这种情况需要进行手术治疗。
3、卵巢的炎性囊肿，往往是采取抗生素来规律的规范抗炎治疗，抗炎治疗一定要足量、足疗程，避免卵巢炎性囊肿反复发作。
4、卵巢的上皮性肿瘤一旦发现要及时的进行手术治疗。