肠道间质瘤发现后主要给予手术切除，不能进行术前穿刺活检，防止出现肿瘤破裂或者沿针道发生远处转移，术后根据病理判断，可以考虑加用分子靶向药巩固治疗。肠道间质瘤是一种交界性肿瘤，也称为潜在性恶性肿瘤，临床比较严重。
肠道间质瘤是原发于肠道的间叶源性肿瘤，还会出现在食管、结肠、胃、直肠、肠系膜以及肝脏多个部位，最常发生在胃，发生率为60%-70%，称为胃间质瘤，临床上常常会有恶心、呕吐、腹痛、贫血、肿块、消化道出血，占所有消化道肿瘤的1%-3%。