甲钴胺胶囊上市后的不良反应报告显示，偶有患者服药后出现过敏反应，如皮疹、瘙痒等。出现后请停止用药，对此药过敏者禁用，偶有患者服药后出现食欲不振、恶心、呕吐、腹泻等胃肠道反应。大都症状轻微，停药后症状就会消失，如果症状严重请去医院就诊，饭后服药会降低不良反应的发生率。
此药不建议长期服用，如果服用一个月以上无效，则无需继续服用。如果发生服用药物过量，应去医院进行对症处理。此药属于处方药，在医生的指导下使用比较安全，不可以擅自更改服药剂量和疗程。如正在使用其他药品，为防止药物发生相互作用影响治疗，请用药前咨询专业人士。