疱疹性咽喉炎多发生于儿童，它的病原体主要是柯萨奇病毒。目前没有特效的药物疗法，主要是采用对症治疗和病因治疗，另外在发病期间注意隔离，避免交叉感染。
药物治疗建议对症治疗，如果患儿体温高达38.5℃以上，伴有明显不舒服的感觉，需要降温治疗。
除了进行物理降温外，可以给予退热药物进行降温，常用的退烧药物有布洛芬、对乙酰氨基酚等等，需要注意的是两次用药的最短间隔时间为4-6个小时，24小时内不超过四次。
如果患儿发生高热惊厥时需要及时进行止惊治疗，常用的药物为咪达唑仑、水合氯醛。对于病因治疗可以口服抗病毒的药物，如利巴韦林清热解毒、蒲地蓝口服液等等可以用于对症治疗。