婴儿的肛瘘一般是由于婴儿期肛旁脓肿没有及时治疗而形成了内瘘，临床表现为肛门周围反复的肛旁脓肿，具体治疗如下：
1、婴儿期：主要以治疗肛旁脓肿炎症为主，包括脓肿的切开、换药、消炎、消毒等一系列治疗方法。
2、适当的年龄：一般在2.5-3岁以后，如果还有反复发作的肛旁脓肿、肛瘘，那可以做肛瘘的根治性手术治疗，包括瘘管切除以及肛瘘挂线等治疗方法。
在婴儿期还是以治疗炎症为主，到幼儿期适当的年龄，可以做肛瘘根治手术。